La fabbrica di Porta Savonarola (1530) venne affidata a Giovanni Maria Falconetto (Verona 1468 – Padova 1535), eccellente architetto formatosi a Roma presumibilmente sotto la guida di maestri quali Francesco di Giorgio Martini, Baldassarre Peruzzi e Raffaello. Già impegnato dalla costruzione del famoso Odeon nel cortile del palazzo di Alvise Cornaro, amico e mecenate, ne riprende alcune soluzioni: non può così «sfuggire la somiglianza planimetrica dello spazio interno ottagonale, con le quattro nicchie semicircolari sui lati ruotati di 45° rispetto ai percorsi e la copertura a padiglione con otto spicchi» (Adriano Verdi in Le mura di Padova, pag.121).
I materiali utilizzati dal Falconetto sono, come per Porta San Giovanni (1528), la trachite e la pietra istriana: di nuovo il netto contrasto tra chiaro e scuro. Le facciate dell'edificio sono del tutto identiche nella decorazione/disposizione degli elementi: prospetto tripartito; tagli di pietra levigata a far da sfondo; quattro semicolonne composite con fusto in calcare; porte laterali d'accesso sormontate da grandi mensole. Sopra ogni mensola quasi vi fosse appoggiato un grande scudo circolare(clipeo) finemente ornato con al centro un medaglione calcareo. In ognuno di questi è raffigurata una divinità: in quello interno a sinistra c'è il busto del dio Medoaco. Qui il leone serenissimo dell'attico esterno è sopravvissuto, più difficile risulta la lettura dell'iscrizione in memoria del doge “conquistatore” di Padova.
Nel vano interno la volta cupoliforme si alza fino allo spazio superiore dell'attico limitando parecchio l'uso delle cannoniere: la porta sacrifica la funzione militare a quella scenografica. È forse per questo che sulla serraglia esterna non c'è più il fauno di Porta San Giovanni, ma un guerriero, o il dio dei guerrieri?